首先，第一工業(yè)廢水處理技術特別復雜。處理工藝的選擇需要考慮多個方面，包括污染企業(yè)的生產工藝。工業(yè)廢水處理工藝復雜，一些企業(yè)投資不足，無法妥善處理；一些企業(yè)已經投入了足夠的資金，但由于后期管理不善，水量達不到標準，無法達到預期效果。
第二，工業(yè)廢水處理技術水平有限。從目前掌握的技術水平來看，我國許多工業(yè)廢水處理理論上無法達到標準。也許它可以在檢查期間處理，但它無法實現真正的長期穩(wěn)定運行。

第三，中國的經濟還不太發(fā)達，不僅廢水難以處理，而且對經濟貢獻巨大的高產量污染企業(yè)也將繼續(xù)存在。就制藥行業(yè)而言，中國許多制藥廠都是初級制藥公司，有大量的污染生產。

第四，工業(yè)園區(qū)污水處理問題。工業(yè)園區(qū)的初衷是集中處理工業(yè)廢水，但在現實中，它產生了新的問題。工業(yè)廢水集中在一起后，在末端建造一個公共的集中污水處理廠，每個工廠的廢水需要經過一定程度的處理才能進入污水處理廠。
第五，“負面影響”問題。一些污染企業(yè)不想在廢水處理上投入太多資金，逐利企業(yè)仍有這種觀念。他們認為，工業(yè)廢水的處理除了滿足環(huán)保部門的檢查以避免處罰外，沒有任何好處，反而增加了成本。

第六，市場混亂問題。承擔工業(yè)廢水處理項目的污染治理企業(yè)“環(huán)保公司”可謂魚龍混雜。因此，行業(yè)內形成了惡性競爭，導致一些曾經致力于工業(yè)廢水領域的公司在面臨機遇時轉型。

第七，規(guī)模效應問題。許多工業(yè)廢水處理項目訂單不足，與城市污水處理相比，難以形成規(guī)模效應和產生大型企業(yè)。盡管在這一領域有優(yōu)秀的環(huán)保公司，但很難像市政污水處理企業(yè)那樣實現數百萬甚至數千萬噸的日處理規(guī)模。
第八，商業(yè)模式問題。每個環(huán)保公司都有獨特的生存方式，但主要模式仍然是“設計、采購、施工”，其他普遍適用的商業(yè)模式仍在探索中。
第九，零排放誤解。多年來，中國一直在實施工業(yè)廢水零排放處理，但在現實中，無法實現真正的零排放，目前中國也沒有完美的零排放案例。對零排放的誤解導致許多企業(yè)在這個問題上盲目依賴設備和技術。
第十個問題是排放標準執(zhí)行困難和監(jiān)管松懈。缺乏嚴格監(jiān)管“一刀切”、脫離實際是一些行業(yè)難以執(zhí)行排放標準的主要原因，工業(yè)廢水處理行業(yè)也面臨類似問題。